Le CSE a pour mission la collecte, la saisie, le traitement, l'analyse et la diffusion des données et des informations sur le territoire, sur les ressources naturelles, en utilisant les technologies spatiales, en vue de l'amélioration de la gestion de ces ressources et de l'environnement.

Mais sa mission ne se limite pas au seul cadre national. Il joue également un rôle important aux échelles sous-régionale et régionale, ainsi que dans le domaine de la coopération internationale.